Le jeu se déroule dans une Préhistoire imaginaire où l’Atlantide existe et a développé une civilisation avancée bien avant les autres peuples du monde. L’Atlantide est une petite île volcanique située quelque part dans l’océan Atlantique. Les Atlantes se distinguent des autres peuples de leur époque par leurs mœurs pacifiques, le raffinement de leur société et de leurs arts, et la technologie très avancée dont ils disposent. Ils observent l’évolution des autres peuples à distance, mais n’entrent jamais en contact avec eux.
L’Atlantide telle qu’elle est présentée dans le jeu s’inspire des sociétés antiques, en mélangeant des éléments propres à la Grèce, Rome ou à la Mésopotamie. La religion atlante est fondée sur le culte d’Ammu, déesse de la lune, et du dieu soleil Sa’at. Ammu est supérieure à Sa’at, son serviteur. Cette hiérarchie divine justifie le caractère matriarcal de la société atlante. Dans le culte, les prêtresses d’Ammu disposent d’une autorité supérieure à celle des prêtres de Sa’at. Dans le domaine politique, l’Atlantide a toujours été gouvernée par une reine, représentante d’Ammu, assistée par un consort, représentant de Sa’at. Le pouvoir royal est transmis de manière héréditaire. Le consort, en revanche, n’exerce sa charge que pour une durée limitée. Il accède à ce rang en remportant les jeux organisés tous les sept ans, puis en affrontant victorieusement le consort précédent lors d’un concours nommé l’Épreuve, et exerce alors le pouvoir aux côtés de la reine pendant sept ans. Au terme des sept ans, il doit se soumettre à l’Épreuve et affronter le nouveau vainqueur des jeux ; s’il ne meurt pas dans l’affrontement, il reste au pouvoir pendant sept autres années, et ainsi de suite. La reine possède un corps de serviteurs d’élite nommés les Compagnons. Le consort, de son côté, possède une garde personnelle. Au moment où l’histoire du jeu commence, l’Atlantide est dirigée par la reine Rhéa et son consort Créon.
La technologie des Atlantes dépasse de loin celle des autres peuples. Les Atlantes disposent en particulier de cristaux qui leur permettent de faire fonctionner des vaisseaux volants semblables à d’élégantes barques de bois pourvues de mâts latéraux. Le cristal utilisé pour faire fonctionner les engins volants ne se trouve que sur l’Atlantide, et il n’en existe qu’une quantité limitée. Les pilotes entretiennent une relation télépathique avec le cristal de leur vaisseau, et utilisent un système d’images mnémotechniques pour mémoriser les endroits et les routes qu’ils seront amenés à parcourir ; cet apprentissage, long et difficile, dure quatre ans. Les vaisseaux volants permettent aux Atlantes de voyager et de surveiller les progrès de la civilisation partout dans le monde, sans avoir à se mêler aux autres peuples. Les Atlantes possèdent des campements et des temples un peu partout dans le monde, entretenus par les prêtresses d’Ammu et les prêtres de Sa’at.